Trải qua nhiều thăng trầm, chùa Hà được xây sửa rất nhiều lần. Đời vua Lê Hy Tông (1675 - 1705) có hai người quê làng Thổ Hà (Bắc Giang) đến ở nhờ chùa để bán các đồ gốm sứ tại Thăng Long. Nhờ buôn bán phát đạt, hai gia đình này tình nguyện công đức số tiền lớn, cùng nhân dân trong xóm xây dựng lại chùa với quy mô lớn bằng gạch ngói vào năm Chính Hòa (1680). Từ đó, hai làng Thổ Hà và Dịch Vọng Trung kết nghĩa, đặt tên xóm có ngôi chùa là Bối Hà và chùa có tên nôm là chùa Hà. Diện mạo của chùa hiện nay là kết quả của lần trùng tu lớn đó và sau này.
Chùa gồm nhiều hạng mục kiến trúc, nằm trong một không gian rộng, nhiều cây xanh. Ngoài cùng là tam quan xây gạch cao hai tầng. Tầng trên xây kiểu chồng diêm. Tầng dưới chia làm ba gian, với ba vòm cửa, cửa giữa rộng hơn. Gian giữa trên lầu tam quan có treo quả chuông đồng đúc từ thời Tây Sơn, niên hiệu Cảnh Thịnh thứ 7 (1799).
Phía sau tam quan là vườn cây, hồ nước bán nguyệt, sân chùa và chùa chính. Chùa chính có mặt bằng kiểu chữ “đinh” với tiền đường và thượng điện. Tòa tiền đường có bảy gian với hệ mái chồng diêm hai tầng mái. Tòa Phật điện được bố trí theo nhiều lớp. Lớp cao nhất là ba pho Tam thế, đại diện cho đức Phật ở thì hiện tại, quá khứ và tương lai. Lớp thứ hai gồm tượng A Di Đà có kích thước lớn, Quan Thế Âm Bồ Tát, Đại Thế Chí Bồ Tát. Phía dưới là tượng A Nan Đà và Đức Ông. Đức Ông chùa Hà rất linh thiêng nên dân quanh vùng có câu: “Đức Ông chùa Hà, Đức Bà chùa Hương”. Phía sau chùa là điện Mẫu gồm phương đình và thần điện. Thần điện có 5 gian, trong đặt tượng các mẫu Thượng Thiên, Thượng Ngàn và mẫu Thủy. Các công trình này đều được làm bằng gỗ, lợp mái ngói theo lối kiến trúc truyền thống. Các cấu kiện gỗ được chạm khắc tinh xảo. Ngoài ra, trong chùa còn có nhà tổ, nhà sinh hoạt của tăng ni, các công trình phụ trợ khác.
Chùa Hà là ngôi cổ tự nổi tiếng linh thiêng. Vào những ngày rằm, mồng một, rất đông Phật tử và người dân tới đây lễ bái. Tương truyền, ngôi chùa này rất linh ứng trong việc cầu duyên, vì thế thu hút nhiều nam thanh nữ tú. Đây cũng là một điểm du lịch tâm linh được nhiều du khách biết tới. Chùa Hà đã được xếp hạng là Di tích Lịch sử văn hóa quốc gia năm 1996.