Theo Viện Môi trường nông nghiệp, môi trường đất nông nghiệp xung quanh khu vực tập trung nhiều hoạt động công nghiệp hay các vùng đất chuyên canh đã có dấu hiệu bị suy giảm do ảnh hưởng của chất thải công nghiệp, chất thải sinh hoạt đô thị, chất thải làng nghề của quá trình thâm canh cây trồng với việc gia tăng sử dụng phân bón và thuốc bảo vệ thực vật.
Đất nông nghiệp xung quanh khu vực hoạt động sản xuất công nghiệp, làng nghề ở hầu hết các điểm quan trắc cho thấy có nguy cơ cao bị ô nhiễm kim loại nặng (Cu, Pb, Cd).
Tại TPHCM, đất sản xuất nông nghiệp khu vực khu công nghiệp quận 12 có hàm lượng As, Hg trong đất khá cao; tại khu vực nông trường Lê Minh Xuân, huyện Bình Chánh, hàm lượng Cd trong đất nông nghiệp là 1,57mg/kg (vượt 1,05 lần ngưỡng của QCVN 03-MT 2015/BTNMT đối với đất nông nghiệp). Đối với vùng đất chuyên canh nông nghiệp, hàm lượng hữu cơ trong đất đều có dấu hiệu suy giảm, rõ nhất trên đất chuyên canh rau và hoa, cây cảnh, bên cạnh đó là dấu hiệu bị chua hóa.