Theo Sở GTVT TP.HCM, lộ trình từ TP.HCM đến tỉnh Tiền Giang, với cự ly hành trình khoảng 110km; đến tỉnh Bến Tre với cự ly hành trình khoảng 120km.
Đơn vị khai thác dự kiến gồm Công ty TNHH Sài Gòn Tourist; Công ty TNHH Công nghệ xanh DP, Công ty TNHH Thường Nhật... đưa vào 2 tàu/đơn vị khai thác, sức chứa từ 75 đến 151 khách/tàu.
Các cảng, bến thủy nội địa được cơ quan thẩm quyền công bố hoạt động để phục vụ tàu cao tốc cập bến đưa và rước khách du lịch.
Tại TP.HCM: Bến tàu cao tốc (khu vực Công viên Bạch Đằng - quận 1); Cảng Sài Gòn (cảng Nhà Rồng, Khánh Hội - quận 4). Tại tỉnh Tiền Giang: Cảng du thuyền Mỹ Tho (TP Mỹ Tho). Tại tỉnh Bến Tre: Bến phà Rạch Miễu cũ (huyện Châu Thành); Bến tàu khách du lịch Bến Tre.
Trong suốt quá trình vận hành, phương tiện đi thẳng, không dừng, đỗ đưa - rước khách trên dọc hành trình tuyến.
Phương án hành trình tuyến có 2 lộ trình.
Lộ trình 1: xuất phát từ bến Bạch Đằng hoặc cảng Sài Gòn, cảng Nhà Rồng - Khánh Hội → sông Sài Gòn → sông Nhà Bè → sông Soài Rạp → sông Vàm Cỏ → kênh Chợ Gạo → sông Tiền → đến cảng, bến thủy nội địa thuộc tỉnh Tiền Giang, tỉnh Bến Tre và ngược lại.
Tổng chiều dài hành trình khoảng 110km, chiều rộng luồng rộng hơn, phương tiện nhỏ lưu thông ít, bảo đảm tốc độ vận hành của tàu cao tốc.
Lộ trình 2 (dự phòng): xuất phát từ bến Bạch Đằng hoặc cảng Sài Gòn, cảng Nhà Rồng - Khánh Hội → sông Sài Gòn → sông Nhà Bè → sông Soài Rạp → sông Cần Giuộc → kênh Nước Mặn → sông Vàm Cỏ → kênh Chợ Gạo → sông Tiền → cảng, bến thủy nội địa thuộc tỉnh Tiền Giang, tỉnh Bến Tre và ngược lại.
Tổng chiều dài hành trình khoảng 104km, ngắn hơn 6km so với hành trình theo lộ trình 1; có sông, kênh chiều rộng luồng hẹp, nhiều phương tiện nhỏ lưu thông; hạn chế tốc độ vận hành của tàu cao tốc.