Theo Bộ NN&PTNT, tổng mức đầu tư của chương trình này lên tới 103.050 tỷ đồng (trong đó 16% là vốn rót từ ngân sách nhà nước, còn lại là các nguồn khác). Nhưng từ khi bắt đầu thực hiện chương trình đến nay (2021 - 2023), hầu như giữa các bộ ngành địa phương mới dừng ở bước hoàn thiện các quy trình thủ tục, quy hoạch, hướng dẫn… còn tiến độ triển khai khá chậm.
Cụ thể, về tiến độ thực hiện nhiệm vụ lưu giữ nguồn gene, đến hết năm 2023, Bộ NN&PTNT mới nhận được 38,5 tỷ đồng; với nhiệm vụ nuôi giữ giống, Bộ NN&PTNT mới nhận được gần 270 tỷ đồng. Còn với nhiệm vụ hoàn thiện hệ thống giống, Bộ NN&PTNT đăng ký 5 dự án (gồm 38 dự án thành phần) với tổng vốn là 1.229,7 tỷ đồng, đến nay đã phê duyệt xong 35/38 dự án, nhưng mới bố trí được 283/1.229,7 tỷ đồng.
Bộ NN&PTNT đánh giá, năm 2023, việc phê duyệt và bố trí kinh phí rất muộn; với các nhiệm vụ sử dụng nguồn vốn sự nghiệp, quá trình triển khai gặp khó khăn, tiến độ chậm. Trong đó, nhiệm vụ hỗ trợ triển khai giống gốc không thực hiện được do vướng cơ chế, chính sách đặt hàng và giá. Còn nhiệm vụ phát triển sản xuất giống mất rất nhiều thời gian tháo gỡ vướng mắc về tài chính nên nửa cuối năm 2023, các dự án mới bắt đầu triển khai.