Quỹ hỗ trợ phát triển nghề cá Khánh Hòa là Quỹ quốc gia được Chính phủ thành lập và giao cho Ủy ban nhân dân tỉnh Khánh Hòa trực tiếp quản lý nhằm huy động nguồn lực bổ sung phục vụ phát triển nghề cá, đầu tư cho các hạng mục, công trình hạ tầng cảng cá, cơ sở chế biến, dịch vụ hậu cần nghề cá và các công trình thiết yếu khác phòng, chống thiên tai, phục vụ dân sinh tại huyện Trường Sa chưa được ngân sách nhà nước đầu tư hoặc đầu tư chưa đủ.
Quỹ hoạt động theo mô hình đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh; không vì mục tiêu lợi nhuận; có tư cách pháp nhân, con dấu riêng và được mở tài khoản tiền gửi đối với nguồn gốc từ ngân sách nhà nước tại Kho bạc nhà nước và mở tài khoản tiền gửi đối với nguồn từ tổ chức, doanh nghiệp, cá nhân tài trợ tại Kho bạc Nhà nước hoặc ngân hàng thương mại theo quy định của pháp luật.
Quỹ hỗ trợ phát triển nghề cá Khánh Hòa có nhiệm vụ tiếp nhận, quản lý, sử dụng các nguồn tài chính của Quỹ theo quy định. Tài trợ cho các hoạt động, dự án phục vụ phát triển nghề cá, đầu tư phát triển nghề cá, đầu tư cho các hạng mục, công trình hạ tầng cảng cá, cơ sở chế biến, dịch vụ hậu cần nghề cá và các công trình thiết yếu khác phòng, chống thiên tai, phục vụ dân sinh tại huyện Trường Sa chưa được ngân sách nhà nước đầu tư hoặc đầu tư chưa đủ.
Nghị định cũng quy định Quy chế hoạt động của Quỹ, trong đó về nguyên tắc, Quỹ hoạt động theo đúng quy định của pháp luật hiện hành, theo quy định tại Nghị định này và theo Điều lệ của Quỹ do Ủy ban nhân dân tỉnh Khánh Hòa ban hành. Việc sử dụng Quỹ phải đúng mục đích, tiết kiệm, kịp thời và có hiệu quả.
Nguồn tài chính của Quỹ gồm: Nguồn hỗ trợ từ nguồn ngân sách nhà nước của các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương; nguồn đóng góp, viện trợ và tài trợ của tổ chức, cá nhân trong nước, ngoài nước; bao gồm tự nguyện hoặc tài trợ có mục đích; nguồn lãi từ tài khoản tiền gửi (nếu có); nguồn tồn dư Quỹ hàng năm; các nguồn hợp pháp khác (nếu có).