Theo UNESCO, việc xây dựng đường cao tốc đi qua vùng lõi của Khu dự trữ sinh quyển thế giới Đồng Nai làm hệ sinh thái bị chia cắt dẫn đến mất tính liên tục, sự liên kết của các hành lang đa dạng sinh học bị phá vỡ, ảnh hưởng xấu đến môi trường sống của các loài động vật quý hiếm và làm chết động vật hoang dã do phương tiện lưu thông trên đường, gây ra ô nhiễm đất, nước và không khí do chính quá trình xây dựng đường gây ra.
Những tác động này sẽ dẫn đến suy thoái môi trường, mất môi trường sống, đa dạng sinh học và không đáp ứng được các tiêu chí và chức năng của vùng lõi của sinh quyển; đồng thời, việc xây dựng cầu Mã Đà và dự án đường cao tốc sẽ không phù hợp với mục tiêu bảo vệ rừng và bảo tồn đa dạng sinh học của pháp luật Việt Nam.