Giỗ Tổ nghề yến là lễ hội dân gian có từ lâu đời ở Hội An nhằm tưởng niệm, tri ân các bậc tiền bối đã có công trạng đối với nghề khai thác Yến sào. Đồng thời, cầu an đầu năm cho cộng đồng cư dân, nâng cao niềm tự hào và ý thức bảo vệ nguồn tài nguyên thiên nhiên quý hiếm này.
Thông thường, Lễ Giỗ tổ nghề yến diễn ra trong 2 ngày. Ngày đầu (9/3 Âm lịch), cộng đồng cư dân dọn vệ sinh, trang hoàng khu vực cúng tế, bày biện lễ vật trên các bàn thờ, khám thờ. Đến tối, các vị cao niên trong làng và đại diện các tộc họ có liên quan đến nghề yến tập trung tại miếu tổ để cúng lễ túc, cáo trước với chư tổ, thần thánh về việc tế chính vào ngày mồng 10/3.
Miếu tổ nghề yến được xây dựng hoàn chỉnh vào khoảng đầu thế kỷ 19 để thờ tổ nghề yến và các vị thần bảo hộ nghề. Người có công lớn trong việc phát triển nghề khai thác yến sào của làng Thanh Châu vào thời kỳ đầu Triều Nguyễn là ông Hồ Văn Hòa. Năm Gia Long thứ 3 (1804) ông được triều đình chuẩn y chức Đội trưởng Thanh Châu Yến sào đội có nhiệm vụ canh giữ, khai thác tổ yến ở Cù Lao Chàm.
Đến năm Minh Mạng thứ nhất (1820), ông giữ chức Hộ trưởng Yến hộ trấn giữ, khai thác tổ yến tam tỉnh (Quảng Nam, Bình Định và Khánh Hòà). Theo thời gian, Yến hộ Thanh Châu không ngừng phát triển, các bậc tiền nhân truyền đạt kinh nghiệm cho thế hệ sau bảo tồn và phát triển nghề yến Hội An.
Nghề yến là nghề đặc thù và rất nguy hiểm. Vì yến làm tổ trên vách đá ở sườn sau các đảo nhỏ của quần thể đảo Cù Lao Chàm. Người chuyên nghiệp phải dùng nhiều tre để nối lên tới đỉnh hang yến để khai thác. Hiện, tại đây có 3 loại tổ yến có giá trị là: Yến Quan, Yến Thiên và Yến Bạc. Trong đó, Yến Quan là đắt nhất, được phân bố ở 3 hang: hang Khô, hang Cả và hang Tò Vò; chiếm 90% trữ lượng tổ yến đảo Cù Lao Chàm.